В озере таинственный изгнанник Покемон Гиратина заманивает временного Покемона Диалгу в альтернативную реальность, отличную от их обычного пространства. Вместе с Диалогой в параллельную реальность переносится также миниатюрный зеленый персонаж из мира покемонов. Ему удается освободиться, после чего Диалга также использует этот шанс, освобождаясь от преследования со стороны Гиратины.

Когда юный зеленый представитель мира покемонов непреднамеренно нарушает отдых группы Сатоши, его отправляют в медицинский центр для покемонов, где обнаруживают, что перед ними Шаймин – легендарный символ признательности. Шаймин через мысленные сигналы обращается к Сатоши, Хикари и Такэси с просьбой доставить его в конкретную локацию. Компания же успевает оказаться в эпицентре преследования до того, как члены группы осознают направление своего движения. Их преследует одновременно таинственный персонаж под именем Зеро и могущественный Гиратин, стремящиеся заполучить маленького Шаймина. Удастся ли группе друзей Сатоши отыскать безопасную локацию для Шаймина?