LaRousse City, передовой мегаполис, служит не просто привлекательным местом для туристов, но также превосходной площадкой для сражений между существами из мира покемонов. Сразу же направляясь в легендарную Башню Поединков, Сатоши сталкивается с неожиданным изменением планов – его соперником становится испуганный подросток под именем Тои. Вследствие тяжелого раннего жизненного опыта Тоя испытывает страх перед всеми существами типа покемонов, включая дружелюбных вроде Пикача.

Ситуация обостряется с появлением существа по имени Деоксис, которое берет под свой контроль город, выключает всю технику и удерживает население в качестве заложников. Иконический Рейквеза глубоко обижен и полон решимости любой ценой выгнать агрессора со своего участка земли! Тем временем группа друзей во главе с Сатоши и Тои оказывается в эпицентре происходящего, однако они полны решимости бороться до конца!