Согласно древним предсказаниям, наступит день, когда гиганты холода, электричества и пламени пробудятся ото сна. В тот миг морской страж, легендарный покемон Лугия, поднимется, дабы возродить равновесие природы. Гелардан, увлечённый предсказаниями судьбы, планирует на своём воздушном корабле атаковать трёх могущественных существ, стремясь подчинить себе Лигия. Когда Гелардан реализует свою стратегию, во всем мире разражаются разрушительные климатические катаклизмы, сопровождающиеся свирепыми штормами. Штормовой ветер отклоняет курс судна, где плывут наставники по покемонам – Сатоши, Касуми и Кенджи, доставляя их на остров Шамоти. Сатоши случайно обнаруживает древнее предсказание, раскрывающее его роль избранника, призванный поддержать мир вместе с Лигой.

Сатоши предстоит проявить мужество, дабы преградить путь разбушевавшемуся хаосу, угрожающему миру, и предотвратить действия Гелардана. Сатоши предстоит преодолеть ряд сложных преград в увлекательном путешествии, направленном на предотвращение глобальной угрозы и восстановление природного равновесия Земли.