Легендарный покемон, обладающий способностью перемещаться сквозь время, привлекает внимание жестокого собирателя магических существ. Юкинори, начинающий наставник покемонов, увлеченный зарисовками своих питомцев, стремится оберечь Серебристого во время непредвиденной встречи с ним. В ходе бегства они оба пропадают без следа. Сатоси, увлеченный наставник, через четыре десятилетия жаждет обнаружить редкие существа покемонов у себя в районе. Капитан судна по имени Белый привозит Сатоси в родную общину, куда его встречают трое верных друзей: Такэси, ранее возглавлявший спортивный зал и ныне мечтающий о карьере успешного разведенца покемонов; Касуми мечтает о мастерстве в обучении водно-покемонной специализации, а Пикачу служит верным спутником Сатоси с самого начала их пути.

Вдруг Юкинори вместе с Серебряным материализуются в мире настоящего Сатоси и вступают в контакт с его товарищами. Лорда Вишиеса, замаскированного лидера группы R, отличающегося высочайшей силой, тянет подчинить себе объект "Серебряный". С помощью специального варианта Покебола под названием "Тьма", способного усиливать мощь захваченных существ до предела, Вишес способен преобразовывать мирных покемонов в устрашающе сильных врагов, даже таких, как Серебряный. Сатоси, Юкинори вместе со своими приятелями вынуждены сплотиться, дабы преодолеть вызов от Вишеса и освободить Серебристого, защищая самих себя.