В древние времена, столкнувшись с угрозой падения метеорита, мифический существ Арцеус применил свои способности, предотвратив тем самым глобальную угрозу планете. В результате данного инцидента 16 дисковых фрагментов разлетелись по разным уголкам планеты. Арсеус лишился жизненной силы после утраты тех пластин, благодаря которым поддерживалось его существование. Дамон обнаружил артефакт и передал его ослабевшему существу, благодаря чему тот смог возродиться. Арсеус подарил камень возрождения городу Мичина, обязав возвратить его; однако горожане пренебрегли этим условием, присваивая артефакт. В ходе развернувшейся схватки Арсеус погрузился в сон, дав обет отомстить людям по пробуждению, тогда как Дамона жизнь оборвалась.

В городе Мичина Сатоси вместе со спутниками встречает наследницу Дамона по имени Шина, утверждающую о владении Камнем Жизни и намерении передать его Арсеусу во время его возрождения. Несмотря на старания Шины, Арсеус по-прежнему испытывает недовольство. Сатоси обязан остановить угрозу полного уничтожения рода человеческого, ибо ярость Арсеуса провоцирует дисбаланс во вселенской структуре, вызывая вспышку агрессии у легендарного триумвирата – Диалги, Палкии и Гиратина – и нарушая гармонию мироздания.