Давние обитатели замка Камарона едва избежали полного уничтожения. Спасительность ситуации обеспечена благодаря поступку рыцаря Арона, истинного защитника ауральной силы, отдавшего жизнь ради предотвращения конфликта между государствами. Ежегодно организуется соревнование в честь этого героического деяния. Молодой наставник покемонов из региона Канто по имени Сатоши одерживает победу в финальном состязании и обретает возможность обладать жезлом, якобы принадлежавшим легендарному Мастеру Аарону. Из жезла выходит Лукарио, существо энергии и помощник хранителя.

Взволнованный воспоминаниями о предательствах со стороны владельца, Лукарио поспешно покидает место событий. Тем временем верного напарника Сатоши, Пикача, неожиданно захватывает покемон под названием Мью и переносит его к мифическому Древу Основания. Лукарио является единственным хранителем дороги, однако его недоверие к людям возникло из-за измены со стороны прежнего владельца. Тем не менее, ради спасения приятеля, Сатоши вместе со своими товарищами обязан собрать всю необходимую поддержку и направиться к Корню Основания, открывая забытые тайны, связанные с давними эпохами.