Спустя три года со дня прибытия космического корабля "Ямато" на планету Искандер... Жители Земли успешно урегулировали ситуацию через посредничество Космореверса и заключили мирное соглашение с представителями Гамилуса. Было создано расширение военного флота, включающего инновационный корабль типа броненосца под названием «Андромеда». Несмотря на настойчивые обращения от Старши, наша планета продолжает путь расширения военных возможностей. «Корабль «Ямато» способствует достижению гармонии, однако плата за это требует огромного числа жертв. В тот момент богиня по имени Тереза, взывая о мире во Вселенной, направляет звездолёт «Ямато» на очередное путешествие. Вселенная находится под угрозой от Гатлантиса, который неотвратимо движется к нашей планете.