Ученые разработали метод радикального улучшения генетической структуры человека, благодаря которому испытательные образцы значительно превзошли контрольную группу во всех аспектах. Модифицированные гены позволили детям демонстрировать повышенную скорость, силу и интеллект. Общество традиционно отвергало индивидуумов, резко отличающихся от большинства. Разгорелся конфликт между Модифицированными индивидами, обладающими генетически улучшенными характеристиками, и Природниками, чьи дарования возникли естественным путем.

В результате стечения обстоятельств в центре этого конфликта оказалась девушка по имени Кира Ямато. Чтобы оберегать близких, он осваивает управление боевым роботом GUNDAM. Кира, исполняющая роль координатора, не видит разницы между координаторами и натуралами и поддерживает ту сторону, которую искренне ценит. Борется ради прекращения пустой войны.