История сосредоточена на центральной героине по имени Нэко, становящейся свидетельницей необычных явлений в учебном заведении. Она встречает Ханаоко — дух, обитающйв школьной уборной, и погружается в цепь мистических событий. Ханако, сочетая озорство с таинственностью, способствует разгадке тайн о привидениях и заклятьях, окружающих школу друзей Нэко. В ходе путешествия Нэко вместе со своими спутниками преодолевают разнообразные препятствия, требующие от них храбрости и изобретательности. Каждый эпизод повествует о самостоятельной истории, где наряду с таинственными элементами рассматриваются личные драмы героев. Нэко преодолевает серию эмоциональных и физических преград, исследуя собственные опасения и личность. Общение с Ханако и её сверстниками способствует тому, что она легче преодолевает личные трудности и осознает ценность взаимной помощи и поддержки. Постепенно персонажи осваивают искусство справляться со своими опасениями и побеждать их, становясь тем самым решительнее и самодостаточнее. Сюжет аниме "Ханако: тайны потусторонних историй" изобилует сюрпризами, удерживая аудиторию в состоянии ожидания и предвкушения дальнейших откровений. Каждое повествование способствует более глубокому проникновению в характер героев и их внутренние движущие силы, одновременно исследуя аспекты товарищества, отваги и самооправдания.