С момента победы над Кэрол прошло лишь краткое время, однако Хибики уже снова вступает в бой. Борется всеми доступными силами против самого страшного врага, известного людям – летних домашних заданий. К сожалению, она не успеет завершить свои дела перед началом следующего учебного периода — над миром нависает угроза нового кризиса.

Цубаса и Мария, проводящие расследование по делу об александрийском происшествии, сталкиваются с группой Баварских иллюминатов, ответственной за действия Кэрол и события Фронтира. Прибыв в войну опустошённую страну Южной Америки под названием Вальверде, обладатели музыкальных инструментов «Мехасимфонии» сталкиваются с феноменом невероятной мощи, который способен противостоять даже божественной силе.