Аниме сериал рассказывает о молодом детективе Синъити Кудо, который обладает выдающимися аналитическими способностями. Однажды, расследуя подозрительное дело, он сталкивается с таинственной организацией и становится жертвой их эксперимента. В результате воздействия неизвестного яда его тело уменьшается до размеров семилетнего ребенка, но интеллект и навыки остаются прежними. Чтобы скрыть свою истинную личность и продолжать расследования, Синъити принимает имя Конан Эдогава.

Живя в доме своей подруги Ран и ее отца, частного детектива Когоро Мори, Конан помогает раскрывать сложные дела, используя свои дедуктивные способности. Он часто прибегает к хитростям, чтобы направлять Когоро к правильным выводам, оставаясь в тени. В течение сериала Конан сталкивается с множеством запутанных преступлений, постепенно приближаясь к разгадке тайны организации, которая изменила его жизнь. Аниме сериал сочетает в себе элементы детектива, драмы и комедии, удерживая зрителей в напряжении и предлагая увлекательные головоломки.